毎年5月の初巳の日から一週間斎行される初巳大祭には、御本殿昇殿の参拝が特別に許されるため、たくさんの参詣客が訪れます。また、初巳大祭期間中の日曜日には、御神輿が御本殿より桟橋の御旅所まで降りて、海水による海潮祓いを行い、御本殿まで戻る神輿渡御が行われます。※なお、初巳大祭前日の前夜祭は、当日参籠（宿泊）されないと参列できません。